در هشتمین روز از ماه ذیالقعدهی سال ۱۳۱۶ قمری، در منطقهی گوگد گلپایگان، کودکی چشم به جهان گشود که تقدیر نامش را با یاد امام هشتم شیعیان گره زد. به دلیل تقارن تولدش با سالروز ولادت حضرت علیبنموسیالرضا(ع)، نام «محمد رضا» را برایش برگزیدند و کنیهاش را ابوالحسن و لقبش را هبةالله نهادند. این تولد، سرآغاز زندگیای بود که قرار بود در آیندهای نهچندان دور، با علم و معنویت درآمیزد.
پدر این کودک، آقا سید محمد باقر امام، عالمی اهل تقوا و آشنا با زهد بود. او به آداب و مستحبات دینی پایبندی ژرفی داشت و در امر به معروف و نهی از منکر بسیار کوشا بود. اکنون آرامگاهاش در گلپایگان، محل احترام و زیارت اهالی منطقه است. محمد رضا در سایهی چنین پدری پا به عرصهی وجود گذاشت، اما دوران کودکیاش با محنتهای جانکاه همراه شد؛ وی در سهسالگی مادر و در نُهسالگی پدرش را از دست داد و به ناگاه یتیم شد.
با فقدان پدر و مادر، محمد رضا روزگار کودکی را با دشواریها و رنجهای فراوان سپری کرد. تحصیلات ابتدایی خویش را در مکتبخانهی همان دیار آغاز نمود و دانشآموزی را در فضایی سنتی اما پُرتلاش ادامه داد. این دورهی سخت، اگرچه با محرومیت از نعمت والدین همراه بود، بذرهای استقامت و جدیت را در وجودش کاشت و زمینهساز مسیر علمی و معنوی او در سالهای بعد گردید.