خلیفه‌سلطانی عنوانی است که به گروهی از علما، عرفا و شخصیت‌های برجسته‌ی ایرانی به‌ویژه در منطقه‌ی اصفهان و در دوره‌های صفویه و قاجاریه اطلاق می‌شده است. این خاندان مذهبی و فرهنگی، نقش مؤثری در حیات علمی، ادبی و عرفانی حوزه‌ی فرهنگی اصفهان ایفا کرده‌اند و شمار قابل‌توجهی از فرهیختگان را در دل خود پرورش داده‌اند. از جمله چهره‌های شاخص این خاندان می‌توان به سیدآقا خلیفه‌سلطانی از علمای قرن سیزدهم هجری، میرزامحمّدباقر خلیفه‌سلطانی اصفهانی، عالم فاضل و معمّر، و سیدابوالحسین بن فتح‌اللّه خلیفه‌سلطانی اصفهانی از علما و فضلای بنام اصفهان اشاره کرد. همچنین، شخصیت‌هایی مانند سیدجعفر بن سیداسماعیل خلیفه‌سلطانی اصفهانی به‌عنوان عالمی پرهیزگار و سیدمحمدتقی بن محمدباقر خلیفه‌سلطانی اصفهانی که در اواخر دوره‌ی صفوی می‌زیسته، از دیگر اعضای برجسته‌ی این سلسله هستند.
در دوره‌های متأخرتر نیز این خاندان کماکان حضور فرهنگی خود را حفظ کرده‌اند که نمونه‌ی آن سیدمحمدحسن بن ابراهیم مفتون حسینی خلیفه‌سلطانی قمشه‌ای، عارف سالک و شاعر ادیب در اواخر دوره‌ی قاجار، و محمداسماعیل خلیفه‌سلطانی اصفهانی از فضلا و عرفای قرن چهاردهم هجری هستند. این تبارنامه‌ی علمی و عرفانی، گواهی بر نقش ماندگار خاندان خلیفه‌سلطانی در تاریخ و فرهنگ ایران است.