در معنای جغرافیایی، «قره آغاجی» نام روستاها یا مناطق مسکونی در شهرستانهای ترتر و بردع آذربایجان است. روستای قره آغاجی در شهرستان ترتر حدود ۱۳۰۲ نفر جمعیت دارد و یکی از آبادیهای شناختهشده آن منطقه است. روستای دیگری با همین نام در شهرستان بردع قرار دارد که جمعیتی حدود ۱۲۹۷ نفر دارد و تا سال ۲۰۰۷ نام قدیمی «قره حاجی» را داشته است. این مناطق در نواحی مرکزی جمهوری آذربایجان قرار دارند و زبان و فرهنگ مردمشان ترکی آذربایجانی است. واژه «قره آغاج» در ترکی به معنای «درخت سیاه» یا «چوب تیرهرنگ» است؛ بنابراین نام روستا احتمالاً اشاره به پوشش گیاهی یا ویژگی طبیعی محل دارد.
معنای دوم به احمد رشدی قره آغاجی بازمیگردد که از دانشمندان و اهل تألیف در قرن ۱۳ هجری قمری بوده است. مشهورترین اثر او کتاب تحفةالرشد است؛ شرحی بر رساله منطقی «ایساغوجی» اثر اثیرالدین ابهری. این کتاب در سال ۱۲۵۲ هجری قمری در «آستانه» چاپ شده و از آثار مهم آموزشی در علم منطق بهشمار میرفته است. نام خانوادگی او احتمالاً برگرفته از محل زندگی یا اصل و نسب وی بوده و ارتباط با واژه ترکی «قره آغاج» دارد. «قره آغاجی» در منابع فارسی و عربی معمولاً به عنوان نامخانوادگی علمی و جغرافیایی ثبت شده است.