سید مصطفی خمینی، فرزند بزرگوار امام خمینی، از عالمان معاصر و مجاهدان انقلابی شیعه، در سال ۱۳۰۹ هجری شمسی در شهر مقدس قم دیده به جهان گشود. ایشان در خانوادهای روحانی و در دامان پرمهر دانشمندی بزرگ از فضلای حوزه علمیه پرورش یافت. نام «مصطفی» بر این نوزاد نهاده شد که یادآور نام جد شهیدش بود. او دوران کودکی خود را در محیطی سرشار از معنویت، صفا و صمیمیت گذراند و در سایه توجه پدر بزرگوار و مادری پاکنهاد، شخصیت فطری و خدادادیاش شکل گرفت.
با رسیدن به هفت سالگی، در سال ۱۳۱۶ هجری شمسی، مسیر تحصیلات رسمی را آغاز نمود. دوران ابتدایی را در مدارس «باقریه» و «سنایی» قم طی کرد و در سالهای ۱۳۲۳ و ۱۳۲۴ هجری شمسی این مرحله را به پایان رساند. علاقه عمیق وی به اسلام و روحانیت، همراه با هدایتهای دلسوزانه پدر بزرگوارش، او را در سال ۱۳۲۴ به صفوف طلاب حوزه علمیه رهنمون ساخت تا به عنوان سرباز امام زمان مشغول تحصیل شود. او با تلاشی پیوسته و فوقالعاده، خود را وقف فراگیری علوم اهل بیت نمود و در زمانی اندک، به رشد فرهنگی و علمی چشمگیری دست یافت.
به واسطه همین پشتکار و استعداد والا، آیتالله مصطفی خمینی توانست در مدت کمتر از شش سال، دروس سطح حوزه علمیه را با موفقیت به پایان رساند. در مسیر کسب دانش، از محضر اساتید برجستهای همچون آیات عظام شیخ مرتضی حائری، شهید صدوقی، سلطانی و شیخ عبدالجواد اصفهانی بهرههای علمی فراوان برد و جایگاه علمی خود را در میان فضلای حوزه تثبیت کرد.
