شهر یزد از دیرباز به عنوان یکی از کانونهای مهم تمدنی ایران شناخته میشود. بنا بر برخی روایات تاریخی، بنیان اولیه این شهر را میتوان به دوران اسکندر مقدونی نسبت داد. جایگاه ویژهٔ یزد در پذیرش و گسترش اسلام، سبب گردید لقب افتخارآمیز دارالعِبادَة به آن اعطا شود. این شهر مهد پرورش دهها عالم و دانشمند بزرگ بوده و تاریخ پرافتخار حوزهی علمیۀ آن، گواه این مدعاست.
تاریخ حوزۀ علمیۀ یزد عموماً به دو دورۀ متمایز تقسیم میگردد. دورۀ تاسیس و شکلگیری این حوزه از قرن چهارم هجری و با حضور امامزادگان و سادات علوی در این منطقه آغاز شد. این دوره تا قرن نهم هجری ادامه یافت. اگرچه در سدههای نخستین نام عالمی برجسته از این شهر ثبت نشده است، اما حضور امامزاده محمّد بن علی بن عبیدالله بن احمد شعرانی بن علی عریضی بن جعفر صادق(ع) و اقامت وی در یزد، قدمت تشیع در این سامان را به دوران عباسی میرساند. بر اساس منابع تاریخی همچون کتاب تاریخ یزد اثر جعفری، امامزاده محمّد در دوران عباسیان به صورت ناشناس و در هیئت درویشان از بغداد عازم خراسان شد و در مسیر به یزد رسید. والی شهر به سبب رویایی صادقه، از وی استقبال شایانی کرد، دختر خود را به همسری او درآورد و خانهای برای اقامت وی در محلهی حسینیان فراهم نمود.
دورۀ دوم شکوفایی و رونق چشمگیر حوزۀ علمیۀ یزد، از قرن دهم هجری و همزمان با به قدرت رسیدن سلسلۀ صفویه آغاز گشت و تا قرن پانزدهم ادامه یافت. در این دوره، با رسمیشدن مذهب تشیع در ایران، این سامان نیز شاهد رشد و گسترش قابلتوجه علوم دینی بود. از نشانههای این رونق، حضور عالمان یزدی در محضر استادان بزرگ آن عصر است؛ چنانکه یحیی بحرانی یزدی در قرن دهم، از شاگردان برجستۀ محقق کرکی شد و آثار ارزشمندی مانند التحفة الرضویة را تألیف نمود. این دوره، عصر طلایی حوزهی علمیهی یزد و ظهور شمار زیادی از فقها و اندیشمندان شیعی در این منطقه به شمار میرود.