تفسیر «غرائب القرآن و رغائب الفرقان» شاهکاری اجتهادی و عقلی در میان تفاسیر قرآن کریم است که هدف اصلی آن، ارائه رویکردی ارشادی با تمرکز عمیق بر ظرایف لفظی و معنوی کلام وحی است. این اثر با موفقیت توانسته است پلی مستحکم میان اسرار ظاهری و باطنی، و وجوه ادبی و معنوی قرآن برقرار سازد، به همین دلیل میتوان آن را در زمره بهترین شروح قرآن کریم قرار داد. نظام نیشابوری برای تدوین این تفسیر، مبانی اصلی را از تفاسیر معتبر پیشین، به ویژه «تفسیر کبیر» فخر رازی و «کشاف» زمخشری، اقتباس کرده است. با این حال، ایشان صرفاً به نقل مطالب بسنده نکرده، بلکه با تصرّفات هنرمندانه و افزودن تحقیقات و نکات دقیقی که حاصل استنباطات شخصی خود وی بوده، به غنای اثر افزوده است. پایبندی به سبک نگارش منحصربهفرد مفسّر و همچنین ارائه نظر صریح خویش در موارد اختلاف نظر میان رازی و زمخشری، نشاندهنده جایگاه اجتهادی و استقلال فکری او در این اثر است.
پیش از ورود به تفسیر آیات، مفسر اقدام به نگارش یازده مقدمه مبسوط در مباحث علوم قرآنی نموده است که نشاندهنده اهتمام وی به مبانی و ساختار فهم قرآن است. از جمله مهمترین این مباحث میتوان به فضیلت قرائت، آداب قاری، معرفی قرائات هفتگانه و راویان آنها، مسئله استعاذه، بحث پیرامون جن و شیاطین، و نیز احرف سبعهای اشاره کرد که قرآن بر اساس آنها نازل شده است. علاوه بر این، مقدمات مفصلی درباره کیفیت جمعآوری مصحف، تمایز میان معانی مصحف، کتاب و قرآن، تقسیمبندیهای ساختاری قرآن (شامل سبع طوال، مثانی، مئین و مفصّل)، اقسام وقف، اصطلاحات کلیدی تفسیری، رابطه میان حقیقت و مجاز، و مباحث بلاغی نظیر تشبیه و استعاره، و نیز قدمت یا حُدوث کلام الهی در این بخشها به تفصیل مورد بحث قرار گرفتهاند.
در خاتمه تفسیر، انگیزه نیشابوری از این تألیف را به روشنی بیان میکند. وی ابراز میدارد که نگارش «غرائب القرآن» با این نیت بوده است که این کتاب، همدمی در حیات دنیوی و مونس او در عالم آخرت باشد. انگیزه دیگری که وی برای این کار ذکر میکند، تمرکز و ثبت مباحث تفسیری سودمند است که به وجه اعجاز قرآن و رفع مشکلات الفاظ آن کمک میکند و به صورت پراکنده در منابع دیگر وجود دارد. ایشان تأکید دارد که مباحث ادبی نظیر لغت، معانی بیان و وجوه مختلف، تنها زمانی ارزشمند و نافع خواهند بود که کاربرد آنها در قرآن مشخص شده و مورد استفاده قرار گیرد؛ از اینرو، ورود به این گونه مباحث ادبی را تنها در پرتو هدفی تفسیری توجیه میکند.