در متون اسلامی، مفهوم «باطن» در برابر «ظاهر» جایگاهی بنیادین دارد و ریشه آن در قرآن کریم و اسمای الهی «الظاهر و الباطن» قابل پیگیری است. این دو مفهوم غالباً در حوزه معرفت و علم به کار میروند و علم از دو جهت میتواند جنبه باطنی پیدا کند: نخست آنکه در دسترس عموم نباشد و اختصاص به گروهی خاص یابد، و دوم آنکه به ابعادی از اشیا و حقایق بازگردد که ورای قلمرو حواس ظاهری قرار دارند. بر این اساس، تمایز میان علم ظاهری و علم باطنی در تاریخ اندیشه اسلامی همواره محل بحث و بررسی بوده است.
ابن تیمیه در رساله خود با عنوان «فی علم الباطن و الظاهر» به تبیین این تفاوت پرداخته است. از نظر وی، علم باطن گاه به دانش نسبت به امور پنهان و مکنونات، مانند آگاهی از واردات ذهنی و احوال قلبی اطلاق میشود و گاه به معنای آگاهی از حقایقی است که فراتر از عالم محسوسات بوده و پیامبران از آن برخوردار بودهاند. از سوی دیگر، وی معنای دیگری نیز برای علم باطن قائل است و آن دانشی است که به دلیل عمق و پیچیدگی، از فهم و درک عموم مردم خارج است (یَبْطُنُ عن فهم اکثر الناس).
این معانی از باطن و علم باطنی به ویژه در محافل شیعیان و صوفیان رواج و گسترش یافت. در میان غالیان کوفه نیز اعتقاد به باطن اشیا و برتری علم باطنی جایگاه ویژه ای داشت. برای نمونه، فرقه هایی مانند کیسانیه و حربیه بر این باور بودند که خداوند دارای باطن یا «معنایی» سرمدی است که ظاهر آن در وجود پیامبر اسلام، حضرت علی و فرزندان ایشان تجلی یافته است. این دیدگاه ها نشان دهنده نقش پررنگ مفهوم باطن در شکل گیری جریان های فکری و کلامی مختلف در جهان اسلام است.