شیخ محسن حرم‌پناهی در سال ۱۳۴۷ هجری قمری در شهر قم، در خاندانی اهل علم، فقاهت، فتوا و قضاوت دیده به جهان گشود. پدر بزرگوارش مرحوم مهدی حرم‌پناهی، عالمی زاهد و وارسته از هوای نفس و از نوادگان مرحوم ملا آقا حسین مجتهد قمی بود که همواره مورد توجه خواص و بزرگان حوزه‌ی علمیه قرار داشت. مادر گرامی‌اش نیز دختر مرحوم سید صادق روحانی قمی و بانویی پارسا و عفیفه بود که در زمانه‌ی خود، الگویی شایسته از یک زن مسلمان برای دیگر بانوان به شمار میرفت.
با توجه به این که پدر ایشان هرگونه مراجعه به نظام طاغوت را به‌طور کلی، و حضور در مدارس دولتی را به‌ویژه حرام می‌دانست، معظم‌له تحصیلات ابتدایی را نزد برخی از علما و فضلای متدین سپری کردند. ایشان حدوداً از سال ۱۳۶۰ هجری قمری، آموختن دروس حوزوی و علوم اسلامی از جمله صرف، نحو، معانی، بیان، منطق، هیئت و کلام را آغاز نمودند.
شیخ محسن حرم‌پناهی در فراگیری فلسفه از محضر استادانی متبحر بهره‌ها برد و همچنین در علوم رجال و درایه، مهارت ویژه‌ای پیدا کرد. در زمینه‌ی فقه و اصول نیز از محضر فقها و استادان بزرگ عصر خود بهره‌ی فراوان برد، تا جایی که در همان اوان جوانی به درجه‌ی اجتهاد نائل آمد و مورد توجه و عنایت ویژه‌ی استاد خود، مرحوم آیت‌الله العظمی سید حسین بروجردی قرار گرفت؛ تا آنجا که از سوی ایشان برای مشارکت در تألیف مجموعه‌ی جامع احادیث شیعه دعوت به عمل آمد.
