قنات دو طبقه نوعی سیستم قنات است که دارای دو لایه یا دو مسیر مجزای آبرسانی است. این نوع قنات ممکن است طراحی شده باشد تا حجم بیشتری آب انتقال دهد یا برای جداسازی آبهای با کیفیت متفاوت استفاده شود. این نوع قنوات نسبت به قنوات تکطبقه ساختاری پیچیدهتر دارند و در برخی مناطق با فناوری پیشرفتهتر ساخته شدهاند.