در عصر روز دوم فروردین ۱۳۴۲، به مناسبت سالروز شهادت حضرت امام جعفر صادق (علیهالسلام)، مجلس عزاداری و روضهخوانی در مدرسهٔ فیضیهٔ قم به همت حضرت آیتالله گلپایگانی برگزار شد. در این مجلس، جمعی از افرادی که به دستور رژیم شاه مأموریت داشتند جلسه را به هم زده و موجب درگیری شوند، حضور یافتند. آنها با فرستادن صلواتهای نامناسب و تحریکآمیز، فضا را ملتهب کردند و سپس با استفاده از سلاحهای سرد به طلاب و روحانیون حاضر حملهور شدند. نتیجهٔ این تعرض، مجروح شدن تعداد زیادی از حاضران و شهادت عدهای از آنان بود، اقدامی که به شدت فضای مذهبی و علمی حوزهٔ علمیهٔ قم را تحت تأثیر قرار داد.
ناکامی رژیم پهلوی در تصویب لایحهٔ انجمنهای ایالتی و ولایتی، که حذف اسلام از شرایط نمایندگی مجلس یکی از محورهای اصلی آن بود، به همراه مخالفت شدید روحانیون با اجرای رفراندوم و تحریم آن، زمینهٔ نارضایتی عمومی و مخالفت روشن مردم و طلاب را فراهم ساخت. همچنین عدم استقبال از شاه در سفر به قم، که به منظور جلب نظر مراجع برای اجرای رفراندوم انجام شده بود، و شکست طرح انتقال مرجعیت شیعه از قم به نجف، که با مقاومت جدی امام خمینی (رحمةاللهعلیه) مواجه گردید، نشاندهندهٔ ناتوانی رژیم در اعمال نفوذ بر جامعهٔ مذهبی و سیاسی کشور بود.
با وجود این ناکامیها، رژیم پهلوی تصمیم گرفت با اقدامی ناشیانه و اعمال فشار نظامی، نیروهای امنیتی خود را به قم اعزام کرده و با ایجاد فضای رعب و وحشت، طلاب، علما و طرفداران امام خمینی را سرکوب نماید. هدف اصلی، نسبت دادن ناهنجاریها به امام و به دست آوردن حمایت اجباری سراسر کشور و نمایش اقتدار امنیتی و نظامی دولت بود. با این حال، این اقدام نه تنها به تحقق اهداف رژیم منجر نشد، بلکه در جریان مبارزهٔ ملت ایران نتیجهٔ معکوس داد و موجب تقویت اتحاد و انگیزهٔ مبارزان علیه رژیم گردید، هرچند که در ظاهر، رژیم توانسته بود به طور موقت اعمال قدرت کند.
