در شامگاه هفتم محرم سال ۱۳۱۳ هجری قمری، در نجف اشرف و در خانوادهای اهل علم و معنویت، کودکی دیده به جهان گشود که او را «محمد هادی» نام نهادند. نسب این کودک به سادات حسینی مدینه منوره میرسید که از فرزندان امام علی بن الحسین (علیهالسلام) بودند. خاندان وی به دلیل جایگاه علمی و معنوی والای خویش، از بزرگان مدینه به شمار میآمدند و در محله قدیمی «بنیهاشم» سکونت داشتند؛ محلهای که همواره رفتوآمد بزرگان قبایل عرب و دانشوران اسلامی در آن رونق داشت.
این خاندان در اواخر قرن یازدهم هجری قمری، به دنبال دعوت شیعیان آذربایجان، از مدینه به ایران مهاجرت کردند. سید حسین، جد محمدهادی، و برادرش علیاکبر، که هر دو از جوانان فرزانه مدینه بودند، همراه با زائران خانه خدا راهی آذربایجان شده و در منطقه «اسکوچای» اقامت گزیدند. سید حسین سپس در میلان ساکن شد و در همانجا ازدواج کرد. او تا پایان عمر در میان ارادتمندان اهل بیت پیامبر (صلّیالله علیه و آله) در منطقه آذربایجان به تبلیغ و ترویج احکام اسلام پرداخت و پس از رحلت وی، فرزندان و نوادگانش این رسالت بزرگ را پی گرفتند.
نیای مادری آیتالله میلانی، آیتالله شیخ محمدحسین مامقانی (متوفی ۱۲۲۳ قمری)، از شاگردان برجسته شیخ مرتضی انصاری و شیخ مهدی آلکاشفالغطا بود و خود از فقهای بزرگ اوایل قرن چهاردهم هجری قمری به شمار میرفت. وی در دوران زندگی خویش به زهد و پارسایی شهرتی فراوان داشت و از چهرههای تأثیرگذار در عرصه فقاهت و معنویت بود.
