پاره فشار

او در مورد دانشگاه گفته‌است ما هنوز مفهوم درستی از دانشگاه نداریم. دانشگاه که از یک‌سو می‌بایست با صنعت و توسعه همراه باشد و از طرف دیگر با آزادی. چنین چیزی همچنان در بوته اجمال و اهمال است. روزی که ریختند و پاره‌ای از استادان را تحت‌عنوان دینداری کتک زدند، هیچ‌گاه حوزه علمیه حرکتی نکرد و این در حافظه دانشگاهیان مانده‌است. او در نامه‌ای خطاب به هاشمی رفسنجانی در زمان ریاست جمهوری او، به وی هشدار داد که دانشگاه‌ها در فشار شدید هستند و از این دانشگاه‌ها انتظار عالمان بزرگ نداشته باشید. به عقیده سروش دانشگاه‌ها محل رشد اندیشه سکولاراند زیرا به دانشجویان علم سکولار را آموزش می‌دهند و به این ترتیب اندیشه سکولار ناخودآگاه در ذهن افراد جای می‌گیرد.

اگرچه جایگاه زندگانی آن‌ها در زمان شاه عباس دوم به توپ بسته شد. برپایهٔ گزارش‌های برخی از نمایندگان بازرگانی انگلیس و هلند و پاره‌ای از گروه‌های دینیِ اقلیت در زمان شاه عباس دوم روزهای ناخوشایندی داشتند. خلیفه سلطان و محمدبیک دو وزیر شاه عباس دوم بر دگراندیشان سخت می‌گرفتند. خلیفه سلطان در سال ۱۰۵۵ مهی (:قمری) در فرمانی همگانی، کارکردهای اقلیت را کم کرد. برای نمونه، ارمنیان را از خرید و فروش پوست خز در میدان نقش‌جهان بازداشت. سپس به یهودیان و زرتشتیان فشار آورد تا مسلمان شوند و نیز با اقلیت هندوها (در جنوب شرق ایران) برهمین گونه رفتار کرد. اگرچه این فرمان، پس از چندی به فراموشی سپرده شد و روند زندگی پیروان ادیان دیگر به روالِ پیش از آن برگشت.