آیتالله محمدرضا مهدویکنی در چهاردهم مرداد ۱۳۱۰ خورشیدی در روستای کن دیده به جهان گشود. وی پس از اتمام دوره دبستان در زادگاهش، برای فراگیری علوم حوزوی وارد مدرسهی علمیه لرزاده در تهران شد و از محضر آیتالله برهان بهرههای علمی و اخلاقی فراوانی کسب کرد. ایشان در سال ۱۳۲۷ و در سن ۱۷ سالگی برای ادامهی تحصیلات حوزوی به قم مهاجرت نمود و تا سال ۱۳۴۰ در محضر استادان برجستهای همچون آیات عظام مشکینی، سدهای، شهید صدوقی، سلطانی، مجاهدی، رفیعی قزوینی، شعرانی، علامه طباطبایی، بروجردی، امام خمینی(ره) و گلپایگانی، دروس عالی فقه، اصول، تفسیر، حکمت، کلام و همچنین دروس خارج فقه و اصول را فرا گرفت.
پس از بازگشت به تهران در سال ۱۳۴۰، در مدرسهی مروی به تدریس علوم حوزوی مشغول شد و از سال ۱۳۴۲ امامت جماعت مسجد جلیلی در میدان فردوسی را بر عهده گرفت. این مسجد بهزودی به پایگاهی مؤثر برای فعالیتهای اجتماعی و سیاسی وی تبدیل شد. فعالیتهای انقلابی ایشان در برابر رژیم پهلوی، موجب دستگیریهای مکرر، تبعید، شکنجه و زندان شد؛ بهگونهای که اولین بازداشت او در ۱۸ سالگی و در اردستان رخ داد و منجر به شکنجه و تبعید وی و همراهانش گردید. این اتفاق حتی با اعتراض آیتالله بروجردی به نخستوزیر وقت مواجه شد.
اصرار ایشان بر تبیین دیدگاههای امام خمینی(ره) و ادامهی فعالیتهای سیاسی، در نهایت منجر به بازداشت و تبعید به بوکان در ماه رمضان ۱۳۵۳ شد. سپس به مهاباد و بعد به تهران انتقال یافت و در کمیته مشترک ضد خرابکاری تحت بازجویی و شکنجههای شدید جسمی و روحی قرار گرفت. وی به چهار سال زندان محکوم شد، اما پس از دو سال و در جریان فضای نسبتاً باز سیاسی سال ۱۳۵۵، همراه با برخی دیگر از زندانیان سیاسی آزاد گردید. آیتالله مهدویکنی آخرین عالمی بود که در آستانهی پیروزی انقلاب اسلامی، پس از چندمین بازداشت، آزاد شد و نقش بسزایی در پیروزی انقلاب ایفا نمود.