او در خرداد ۱۳۹۴ برای عمل خارج کردن ترکش باقی مانده از جنگ ایران و عراق در بدنش، به بیمارستان اعزام شد و پس از عمل جراحی، مجدد به زندان بازگشت. سراجالدین میردامادی سرانجام شامگاه دوشنبه ۲۴ اسفند ۱۳۹۴ و با اجرای ماده ۵۸ قانون مجازات اسلامی، «آزادی مشروط» از زندان اوین آزاد شد.
گذرنامه میردامادی و همسرش در ۱۲ مرداد ماه در بدو ورود در فرودگاه امام خمینی تهران توقیف شد و پس از آن از خروجش ممانعت به عمل آمد. اولین دادگاه سراج الدین میردامادی ۱۸ دی ۱۳۹۲ در شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب به ریاست قاضی صلواتی برگزار شد که قاضی به پرونده نقص گرفت و آن را به دادسرای اوین ارجاع داد و میردامادی با صدور قرار کفالت و کفالت برادرش آزاد شد.
در سال ۱۳۸۱ روزنامه سیاست طی مقاله ای ادعا کرد که درآن روز محسن میردامادی (نایب مهدی کروبی) و علی شکوریراد از دانشجویان پیرو خط امام طی برنامهای قصد داشته که مسجدالحرام را تصرف و از بلندگوهای آنجا شعارهای «مرگ بر آمریکا» را سر دهند که در این کار نا موفق بوده و منجر به درگیری پلیس و بعد گارد ملی با حجاج میشود.
خانه میردامادی مربوط به دوره صفوی - دوره قاجار است و در اصفهان، خیابان عبدالرزاق، خیابان سنبلستان، جنب قصر جمیلان واقع شده و این اثر در تاریخ ۲۴ اسفند ۱۳۸۳ با شمارهٔ ثبت ۱۱۵۴۷ بهعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
سراجالدین میردامادی، فرزند «سید حسین میردامادی»، دایی کوچک سیدعلی خامنهای، رهبر جمهوری اسلامی است. سید حسین میردامادی فرزند سید هاشم میردامادی نجفآبادی است که از فعالان سیاسی در جریان انقلاب ۵۷ بوده، اما با شروع رهبری آیتالله خامنهای رابطه خود را با خواهرزادهاش قطع کرد.
از سوی دیگر چهرههایی چون محسن میردامادی و محسن امینزاده، از عناصر فعال و از رهبران دانشجویان در تسخیر سفارت آمریکا از ۴ ماه پیش از تظاهرات ۱۳ آبان در بازداشت به سر میبردند و سید محمد موسوی خوئینیها، رابط دانشجویان مسلمان پیرو خط امام با سید روحالله خمینی، متهم به دست داشتن در کودتای مخملی گشته بود و با اتهامات سنگینی همچون جاسوسی برای سازمان اطلاعات شوروی و توطئه علیه رهبری نظام مواجهاست.