نهادی تخصصی و صاحب‌صلاحیت تحت نظارت قوه‌ی قضائیه است که مسئولیت ارائه‌ی نظرات کارشناسی در حوزه‌ی پزشکی حقوقی به مراجع قضائی و سایر نهادهای دولتی را بر عهده دارد. هدف از تأسیس این سازمان، انجام بررسی‌های دقیق و تحقیقات علمی در زمینه‌ی مسائل پزشکی قانونی، ارائه‌ی مستندات معتبر برای دادگاه‌ها و همچنین کمک به پیشگیری از وقوع جرائم از طریق مطالعات تخصصی است. ریاست این سازمان توسط رئیس قوه‌ی قضائیه و از میان پزشکان واجد شرایط انتخاب می‌شود. همچنین، درآمد حاصل از ارائه‌ی خدمات پزشکی قانونی، مطابق مقررات، به حساب درآمد عمومی کشور واریز می‌گردد.
در نظام سلامت و قضائی ایران، این اصطلاح به دو مفهوم اصلی اشاره دارد: نخست، خود سازمان به‌عنوان مرجع رسمی کارشناسی امور پزشکی مرتبط با پرونده‌های قضائی؛ و دوم، متخصصان حوزه‌ی پزشکی قانونی که پزشکانی دارای تخصص رسمی از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی هستند. این متخصصان در حیطه‌های گوناگونی از جمله پزشکی قانونی بالینی، مسمومیت‌ها و اخلاق پزشکی فعالیت تخصصی داشته و در محیط‌های مختلفی مانند گروه‌های دانشگاهی تحت نظارت قوه‌ی مجریه، مراکز خصوصی و خیریه و نیز در سازمان پزشکی‌قانونی وابسته به قوه‌ی قضائیه مشغول به خدمت‌رسانی می‌باشند.
متخصصان آن نقش محوری در پیوند میان علم پزشکی و نظام حقوقی ایفا می‌کنند. فعالیت ایشان تنها به ارائه‌ی نظریه در مراجع قضائی محدود نبوده و شامل آموزش، پژوهش، پیشگیری و درمان در حوزه‌های تخصصی مانند سم‌شناسی بالینی و مسائل اخلاق پزشکی نیز می‌شود. این گستردگی فعالیت، باعث شده است که در ایران به‌عنوان یک رشته‌ی علمی کاربردی پویا و مؤثر در خدمت نظام سلامت و عدالت قضائی قرار گیرد.