فتحعلیشاه، که پیش از آن با نام باباخان شناخته میشد، برادرزادهٔ آقامحمدخان قاجار و یکی از افراد مورد اعتماد او بود. با وجود ستمهای احتمالی آقامحمدخان نسبت به خانواده، او باباخان را به ولایتعهدی برگزید و آشکارا اظهار داشت که برای آسودگی سلطنت او خونها ریخته است. هنگامی که آقامحمدخان در سال ۱۲۱۲ هجری قمری به قتل رسید، باباخان که در آن زمان حکمران فارس بود، فوراً به سوی تهران حرکت کرد. در این میان، فتنههای متعددی سر برآورد؛ صادقخان شقاقی، که قاتلان شاه مقتول نزد او پناه گرفته بودند، قزوین را محاصره و ادعای سلطنت کرد، و علیقلیخان، برادر آقامحمدخان، نیز سلطنت را حق خود میدانست. با این حال، این شورشها به سرعت سرکوب شدند؛ علیقلیخان نابینا و صادقخان شقاقی متواری گردید.
پس از فروکش کردن فتنههای اولیه، محمدخان، پسر زکیخان زند، از بصره به خوزستان تاخت و پس از درگیریهایی در اصفهان و عراق، در نزدیکی دزفول به دست حسنخان والی گرفتار، نابینا و به تهران فرستاده شد. همزمان، حسینقلیخان، برادرِ فتحعلیشاه، نیز سر به طغیان برداشت و مدعی تخت و تاج گردید، اما او نیز دستگیر و نابینا شد. مخالفت سلیمانخان نظامالدوله نیز بینتیجه ماند و وی مجبور به عذرخواهی از شاه شد. این دوره از ناآرامیها و سرکوبهای داخلی تا سال ۱۲۱۳ هجری قمری به طول انجامید و بدینترتیب، بنیاد پادشاهی فتحعلیشاه مستحکمتر شد. در همین سال، فتحعلیشاه پسر خود، عباس میرزا، را ولیعهد تعیین کرد و او را به آذربایجان فرستاد.
در این اثنا، نادرمیرزا، پسر شاهرخ افشار، پس از قتل آقامحمدخان بر خراسان چیره شده بود. شاه جدید ایران با عزمی راسخ برای نجات این منطقه، خود رهسپار آن سامان شد که این عملیات تا سال ۱۲۱۸ هجری قمری به طول انجامید. در نهایت، نادرمیرزا که قصد فرار داشت دستگیر و به تهران منتقل و در آنجا به قتل رسید. پیش از پایان کار نادرمیرزا، سوءظن فتحعلیشاه نسبت به حاج ابراهیم، وزیر پیشین و کلانتر شیراز در دوران لطفعلیخان زند، شدت گرفت و او به همراه یارانش به قتل رسید. با گذشتن از این کشاکشهای خونین در سال ۱۲۱۷ هجری قمری، سلطنت فتحعلیشاه تثبیت شد، اما چالشهای جدیدی در زمینهٔ روابط دولت ایران با قدرتهای خارجی پیش روی این پادشاه قرار گرفت که مسیر حکمرانی او را دشوار میساخت.
