آیت‌الله العظمی سید روح‌الله موسوی خمینی در بیستم جمادی‌الثانی سال ۱۳۲۰ هجری قمری، مصادف با سالروز میلاد حضرت فاطمه زهرا (س)، در شهرستان خمین دیده به جهان گشود. پدر ایشان، آیت‌الله سید مصطفی موسوی، از مجتهدین و علمای برجسته‌ی عصر خود بود که پس از اتمام تحصیلات در نجف اشرف و سامرا، زعامت اهالی خمین و نواحی اطراف را بر عهده داشت. مادر امام، بانو هاجر، از خاندانی اصیل و علمی بود و نواده‌ی آیت‌الله میرزا احمد، از مدرسین والامقام، به شمار می‌رفت. خانواده‌ی پدری شامل سه پسر و سه دختر بودند که سید روح‌الله آخرین فرزند آنان محسوب میشد.
امام خمینی در پنج‌ماهگی، پدر خود را از دست داد؛ چرا که آیت‌الله سید مصطفی در مسیر خمین به اراک، مورد سوءقصد اشرار قرار گرفت و در سن ۴۷ سالگی به شهادت رسید. پرورش ایشان پس از این واقعه، در سایه‌ی مهر مادر و عمه‌ی گرامیشان، صاحبه‌خانم، و تحت سرپرستی برادر بزرگ‌تر، سید مرتضی پسندیده، پی‌گرفته شد. با این حال، مصائب دوران کودکی به همین جا ختم نشد و در فاصله‌ی کوتاهی، ابتدا عمه و سپس مادر ایشان نیز دار فانی را وداع گفتند و امام را در نوجوانی با یتیمی مضاعف رها کردند.
این رنج‌ها و محنت‌های پیاپی، به‌جای آن که روحیه‌ی ایشان را تضعیف کند، همچون فولادی آب‌دیده، وجودشان را مقاوم و استوار ساخت. غم از دست دادن عزیزان، شخصیتی پولادین و متکی به پروردگار در وجود ایشان پدید آورد و زمینه‌ساز شکل‌گیری روحیه‌ای تسلیم‌ناپذیر و ایمانی راسخ در وجود وی شد.