روت پروتئین یا آپوپروتئین (Apoprotein) بخشی از پروتئین است که به تنهایی وجود دارد و هیچ گروه افزودنی یا کوفاکتوری به آن متصل نیست. به عبارت دیگر، این بخش خالص پروتئین است که بدون ترکیب با مولکول‌های دیگر، ساختار اولیه و عملکرد پایه‌ای خود را دارد. در بسیاری از پروتئین‌های پیچیده، آپوپروتئین‌ها نقش اسکلت یا چارچوب اصلی را بازی می‌کنند.
آپروتئین‌ها به عنوان بخش پایه‌ای پروتئین‌ها، امکان اتصال به سایر مولکول‌ها یا گروه‌های غیرپروتئینی مانند ویتامین‌ها، فلزات یا لیپیدها را فراهم می‌کنند. بدون حضور آپوپروتئین، پروتئین‌های مرکب نمی‌توانند ساختار و عملکرد کامل خود را نشان دهند. به عنوان مثال، در لیپوپروتئین‌ها، آپوپروتئین‌ها نقش حمل‌کننده و تثبیت‌کننده لیپیدها را دارند.
شناخت آپوپروتئین‌ها در زیست‌شناسی و پزشکی اهمیت زیادی دارد، زیرا تغییر یا نقص در این پروتئین‌ها می‌تواند باعث بیماری‌های متابولیک شود. این پروتئین‌ها معمولاً در آزمایشگاه به صورت خالص مطالعه می‌شوند تا عملکرد مستقل پروتئین و نحوه تعامل آن با گروه‌های افزودنی مشخص شود. به طور ساده، آپوپروتئین‌ها پایه و اساس عملکرد پروتئین‌های پیچیده را تشکیل می‌دهند و بدون آنها، بسیاری از فرآیندهای سلولی امکان‌پذیر نیست.
