حائری یزدی در سال ۱۳۳۲ هجری قمری راهی این شهر شد و کلاسهای خود را در مدرسهٔ میرزا یوسفخان به جریان انداخت. اینطور به نظر میرسد که خمینی در آن سالها در علوم دینی به قدر کافی پیشرفت نکرده بود که تحصیلات خود را مستقیماً زیر نظر او ادامه دهد. او درس منطق را در حضور محمد گلپایگانی، کتاب شرحالعلوم از زینالدین العاملی را زیر نظر آقا عباس اراکی و ادامهٔ تحصیل المتول خود را با هدایت محمد علی بروجردی گذراند.