در مرحله بعدی، دولت کابل تلاش کرد قدرت فرماندهان محلی مانند دوستم، شیرزی، اسماعیل خان و دین محمد را هم در ولایتشان کمتر کند. به این منظور، حامد کرزی فرمانی صادر کرد که بر اساس آن، هر فرد باید در یک زمان، فقط یک وظیفه میداشت. اسماعیل خان نیز پس از اصرار مرکز، میان فرماندهی قل اردو (لشکر) هرات و مقام ولایت (استانداری)، دومی را برگزید.
صدرا، مساعی تو مؤید بود همی و ز تو نظام دین محمد بود همی
سرور هر دو جهان و کارساز حشر و نشر آفتاب دین محمد سید عالی همم
دارای دین محمد مرسل که نا او با نام ذوالجلال قرینست در صلات
میر ابونصر محمد که سر دولت او هست چون دین محمد همه ساله بفراز