دانشنامه اسلامی
از آغاز شکل گیری حکومت صفوی به تدریج همکاری علما و به تبع آن حوزه های علمیه، با شاهان، به ویژه در عهده دار شدن مناصب دینی، شروع شد.در دوره شاه طهماسب دومین پادشاه صفوی، به دلیل اعتقاد جدّی او به فقها این همکاری گسترده تر شد.مبنای این مشارکت نیز آن بود که برخی از امور دینی اساساً بر عهده مجتهدان و فقهاست؛ مانند قضا و امور حسبیّه، برخی دیگر نیز منوط به اذن مجتهدان است از آن رو که نایبان امام در زمان غیبت هستند.نقش محقق کرکی در تبیین نظریه نیابت مجتهد جامع الشرایط از امام معصوم، در این دوره بسیار برجسته بود. شاه طهماسب نیز طی حکمی که در آن محقق کرکی را خاتم المجتهدین و نایب الائمة المعصومین خوانده بود از همگان خواست که با حکم وی مخالفت نکنند و مخالفت با محقق کرکی را به منزله شرک معرفی کرد. خوانساری احکامی را دیده که محقق کرکی به حاکمان سراسر قلمرو صفوی نوشته و آن ها را به رعایت عدالت در حق رعایا توصیه کرده است.همکاری علمای حوزه اصفهان با پادشاهان صفوی و تصدی مشاغل و مناصب عمده مذهبی، پس از شاه طهماسب نیز با فراز و نشیب هایی ادامه یافت و کسانی چون شیخ علی منشار، بهاء الدین عاملی، علی نقی بنابی العلاء کمره ای، محمدتقی مجلسی، آقاحسین خوانساری، محمدباقر مجلسی ، عبداللّه بن صالح بحرانی و محمدحسین خاتون آبادی به منصب شیخ الاسلامی، شیخ جعفر بن عبداللّه به منصب قضا و حسین بن رفیع الدین مرعشی و محمدباقر بن حسن خلیفه سلطانی به منصب صدارت برگزیده شدند (برای آگاهی بیش تر درباره مناسبات علمای حوزه اصفهان با شاهان صفوی و نیز مشاغل و مناصبی که بر عهده آن ها گذاشته می شد به این منبع رجوع کنید ).این همکاری ها موجب شد که در این دوره از جانب علما و فقهای اصفهان کتب و رسالاتی درباره سیاست و آداب ملک داری و نیز فقه سیاسی و مسائلی چون امر به معروف و نهی از منکر، لزوم رعایت عدالت از جانب حاکم، خراج، جزیه و حکم نماز جمعه در دوره غیبت نوشته شود.
دوره افشاریه و زندیه
در دوره افشاریان و زندیان از نفوذ سیاسی حوزه علمیه اصفهان کاسته شد.
دوره قاجار
اما در دوره قاجار برخی از علمای طراز اول اصفهان در وقایع نهضت تحریم تنباکو و مشروطیت نقش اساسی و کلیدی داشتند (برای نقش آقانجفی در واقعه نهضت تنباکو به این منبع رجوع کنید ).در جریان مشروطیت، هفت تن از علمای درجه اول حوزه علمیه اصفهان در حمایت از نهضت مشروطه بیانیه صادر کردند. حاج آقا نوراللّه نجفی (ثقة الاسلام) یکی از مشهور ترین این علما بود که نقش مهمی در حمایت از مشروطه بر عهده داشت. هر چند که پس از وقایع مشروطه از حمایت آن دست برداشت. وی از جمله مخالفان سرسخت رضا شاه در قانون نظام وظیفه اجباری بود.وی در ۱۳۴۶/ ۱۳۰۶ ش درگذشت.
