نگارش این کتاب در ماه رجبالمرجب سال ۱۳۰۱ قمری به پایان رسیده است. بر اساس گزارش اعیان الشیعة، کتاب دیگری از مؤلف به نام «درر الفوائد فی الحاشية علی الفرائد» ده سال پیشتر در ۱۲۹۱ قمری تألیف شده و در متن آن نیز در صفحات متعددی با عباراتی همچون «التعلیقة الجدیدة» یا «علقناه جدیداً» به آن ارجاع داده شده است. با این حال، بررسی دقیق محتوای حاشیه بر فرائد نشان میدهد که تنها برخی بخشهای آن مانند «تعادل و تراجیح» (۱۲۹۱ ق.) و «اصل برائت» (۱۲۹۵ ق.) پیش از تکمیل «فوائد الاصول» نوشته شدهاند.
در مقابل، مباحث مهمی مانند ظن در سال ۱۳۰۲ قمری و «استصحاب» در ۱۳۰۵ قمری، یعنی پس از تاریخ اتمام «فوائد الاصول»، نگارش یافتهاند. این ناهمزمانی، ارجاعات موجود در «فوائد الاصول» به مباحث قطع و ظن در کتاب حاشیه را با ابهام مواجه میسازد، مگر آنکه بپذیریم آخوند خراسانی پیشنویس یا یادداشتهایی اولیه از آن مباحث را پیش از تکمیل نهایی حاشیه تهیه کرده و در هنگام تألیف «فوائد الاصول» به آن مواد اولیه ارجاع داده باشد.
اطلاع دقیقی از تاریخ نخستین چاپ در دست نیست، اما نسخهٔ متداول و موجود این کتاب با نسخهای که در سال ۱۳۱۹ قمری منتشر شده مقابله و تصحیح شده است. از اینرو با اطمینان میتوان گفت که انتشار این اثر حداقل از این تاریخ به بعد انجام گرفته و جایگاه آن بهعنوان یکی از متون پایهای و تأثیرگذار در حوزهٔ اصول فقه امامیه تثبیت شده است.