این کلمه هم به شکل «جرثمه» و هم «جرثومه» دیده می‌شود، ولی در زبان فارسی معیار معمولاً شکل صحیح آن جرثومه است. جرثومه به معنای ریشه یا منشأ یک چیز است و معمولاً برای اشاره به اصل یا پایه یک مسئله به کار می‌رود. این واژه در زبان فارسی بیشتر در متون ادبی و فلسفی دیده می‌شود و به چیزی اشاره دارد که منشأ اثر یا حادثه‌ای است.
در مسائل اجتماعی و سیاسی، جرثومه می‌تواند به منبع مشکلات و فسادها اشاره کند. به عنوان مثال، وقتی گفته می‌شود «جرثومه فساد اقتصادی»، منظور اصلی‌ترین علت یا ریشه‌ای است که باعث ایجاد فساد و پیامدهای آن در جامعه شده است. این کاربرد نشان می‌دهد که شناخت منشأ مشکلات برای حل آن‌ها ضروری است.
در ادبیات و سخنان روزمره نیز گاهی از این واژه برای اشاره به منشأ رفتارهای منفی یا رویدادهای نامطلوب استفاده می‌شود. به این ترتیب، جرثومه نه تنها مفهوم ریشه و اصل را دارد، بلکه به ما یادآوری می‌کند که برای اصلاح یا پیشگیری از مشکلات، باید به منبع آن‌ها توجه کنیم.
