قرآن مجید به عنوان معجزه‌ی جاویدان پیامبر اسلام، مهم‌ترین دلیل اثبات رسالت ایشان به شمار می‌رود. این موضوع در قالب «اعجاز قرآن» در علوم قرآنی، کلام اسلامی و ادبیات عرب مورد بررسی قرار گرفته است. علامه طباطبایی در تبیین ابعاد اعجاز قرآن، بر دو جنبه تأکید می‌ورزد: نخست آن که قرآن صرفاً از جنبه‌ی فصاحت و بلاغت تحدی نمی‌کند، بلکه از حیث محتوا و معنا نیز همگان را به مبارزه‌طلبی فرامی‌خواند. ایشان با استناد به آیه‌ی «أَفَلَا یَتَدَبَّرُونَ الْقُرْآنَ...» اشاره می‌کنند که اگر قرآن از سوی غیر خدا بود، قطعاً اختلافات فراوانی در لفظ و معنا داشت؛ در حالی که قرآن در طول ۲۳ سال و در شرایط گوناگون نازل شده و با این حال، هیچ گونه تناقض یا تضادی در آن یافت نمی‌شود.
علامه طباطبایی وجه دیگری از اعجاز را در نحوه‌ی نزول تدریجی قرآن می‌دانند. ایشان خاطرنشان می‌کنند که قرآن در بستر حوادث مختلف، اعم از جنگ و صلح، قدرت و ضعف، و رنج و آسایش نازل شده است؛ با این حال، نه تنها پیشرفت تدریجی و برتری آیات متأخر بر متقدم در آن مشاهده نمی‌شود، بلکه کل آیات از هماهنگی و یکنواختی کامل برخوردارند. این در حالی است که آثار بشری همواره متأثر از تکامل تدریجی و تغییر شرایط بوده و معمولاً بخش‌های پایانی آن از کیفیت و عمق بیشتری برخوردار است. این هماهنگی عمیق در کل قرآن، گواهی است بر این که این کتاب، ساخته‌ی دست بشر نیست.
در آیات تحدی، قرآن با چالش‌هایی مانند آوردن ده سوره یا حتی یک سوره مشابه، همگان را به معارضه فرامی‌خواند. علامه طباطبایی در این باره توضیح می‌دهند که مقصود از این تحدی، آوردن کلامی است که تمامی ویژگیهای قرآن، اعم از فصاحت و بلاغت لفظی و همچنین عمق و استحکام محتوایی را دارا باشد. از نظر ایشان، سبک قرآن، سبکی فراتر از شعر و نثر متعارف است که از زیبایی و جذبه‌ای فوق‌العاده و روانی بی‌نظیر برخوردار است. افزون بر این، نظام جامع و منسجم معارف اعتقادی، اخلاقی و قوانین فردی و اجتماعی که در قرآن ارائه شده، به گونه‌ای است که طراحی آن برای بشری که در شرایطی مشابه پیامبر قرار داشته، غیرممکن می‌نماید.
