در سال ۱۲۱۲ قمری، در شهر سبزوار و در خانه‌ی حاج میرزا مهدی که از انسانهای وارسته و مؤمن این دیار بود کودکی پا به عرصه‌ی وجود گذاشت که او را هادی نامیدند. وی از هشت‌سالگی به جمع محصلان علوم مقدماتی پیوست و در اوان نوجوانی، ادبیات عرب شامل صرف و نحو را فراگرفت. اگرچه هادی در ده‌سالگی پدر خود را از دست داد، با کمک یکی از اقوام به نام حاج ملا حسین سبزواری که خود اهل فضیلت و دانش بود توانست راههای سخت آینده را هموار سازد و برای ادامه‌ی تحصیل، راهی حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد شود. او به مدت ده سال در جوار بارگاه امام رضا به فراگیری علوم پرداخت.
حضور ملا هادی در حوزه‌ی اصفهان هنگامی آغاز شد که وی در مسیر سفر حج، از این شهر گذر کرد و با توجه به فرصت باقی‌مانده تا موسم حج، مدتی در آن اقامت گزید. اصفهان در آن روزگار، از حوزه‌های علمی پررونق و استادان بزرگی چون حاج شیخ محمدتقی (مؤلف هدایة‌المسترشدین)، حاج محمدابراهیم کلباسی (صاحب اشارات‌الاصول) و آیة‌الله ملا اسماعیل کوشکی بهره می‌برد. ملا هادی با حضور در درس این بزرگان، به‌ویژه در مجلس درس آیة‌الله کوشکی، گمشده‌ی گران‌قیمت خویش را یافت؛ به‌گونه‌ای که بیان شیوا و عمق معلومات استاد، روزبه‌روز او را شیفته‌تر می‌نمود. این اشتیاق سبب شد سفر حج را به سفری در سلوک دانش و معارف تبدیل کند و در اصفهان ماندگار شود. اقامت ملا هادی در اصفهان هشت سال به طول انجامید و در این مدت، خود را به زیور دانش و معارف آراست و به برکت بزرگان آن دیار، افقهای جدیدی در علم حکمت فرا راهش گشوده شد. وی سرانجام در سال ۱۲۴۲ قمری به مشهد بازگشت و به مدت پنج سال در مدرسه‌ی حاج حسن به تدریس مشغول گردید.
