دانشنامه اسلامی
براساس برخی منابع، فعالیت های علمی در حرم امام رضا(ع) در قرن های پیش از دوره صفویه نیز رواج داشته است و برخی عالمان بزرگ مثل ابن بابویه، شیخ طوسی، ابوعلی فضل بن حسن طَبْرِسی، ابوالبرکات محمدبن اسماعیل مشهدی، ابن ابی جمهور و خواجه نصیرالدین طوسی در این شهر سکونت داشته و محافل علمی تشکیل داده بودند. در دوران صفویه مهاجرت علمایی از جبل عامل به خراسان و شهر مشهد مثل؛ حسین بن عبدالصمد حارثی، پدر شیخ بهائی، شیخ حر عاملی و شیخ لطف الله میسی و توجه دولت صفوی به مسئله تعلیم، تعلم و تبلیغات دینی و ساخت مدارس دینی در خراسان باعث توسعه و تقویت محافل علمی شد و حوزه علمیه مشهد به حوزه علمی پرمایه و نیرومندی تبدیل شد.
در دوران قاجار نیز به توسعه و تقویت حوزه علمیه مشهد رسیدگی می شد. حوزه علمیه مشهد پس از انقلاب مشروطه که واقعه گوهرشاد رخ داد، و خاصه پس از مهاجرت دو روحانی دانشمند به مشهد، آقازاده خراسانی، فرزند آخوند خراسانی، و حاج آقا حسین قمی (متوفی ۱۳۲۶ش) که هر دو درس خوانده نجف بودند، و نیز شیخ مرتضی آشتیانی، به ویژه از حیث دروس خارج فقه و اصول بیش از پیش رونق گرفت.