دانشنامه اسلامی
ایشان پس از گذراندن دوران کودکی، جهت تحصیل در حوزه علمیه در سال 1320ش عازم نجف اشرف می شوند و در دروس سطح و سطح عالی (رسائل، مکاسب و کفایه ) از محضر اساتید برجسته ای چون حضرات آیات: شیخ مجتبی لنکرانی، میرزا حسن یزدی، شیخ مرتضی طالقانی و شیخ محمد تقی ایروانی استفاده می کنند.
ایشان سپس در درس خارج فقه و اصول از محضر آیت الله حکیم، آیت الله شیخ حسین حلی و به خصوص آیت الله خوئی (از سال 1325ش تا سال 1339ش) استفاده می کنند و جزء شاگردان برجسته ایشان قرار می گیرند.
آیت الله خلخالی همچنین در درس فلسفه آیت الله شیخ صدرا بادکوبه ای و درس تفسیر آیت الله خویی شرکت می کردند و هم بحث آیت الله شهید شیخ مرتضی بروجردی بودند.
آیت الله خلخالی در ایام حضور خود در نجف اشرف به تدریس سطح و سطوح عالیه (ادبیات، لمعه، معالم، رسائل، مکاسب و کفایه ) مشغول می شوند و پس از 18 سال تحصیل و تدریس در آن حوزه، در سال 1339ش عازم ایران می شوند و در شهر تهران اقامت می کنند و به انجام برنامه های علمی و تبلیغی خود می پردازند.
