دانشنامه اسلامی
وی پس از فراگیری مقدمات علوم دینی نزد پدرش، دروس عالی فقه و اصول را از فقهایی چون انصاری، مرتضی بن محمدامین، میرزا محمدحسن شیرازی معروف به میرزای شیرازی، محمدحسین کاظمی و حاج ملا علی تهرانی آموخت و از برخی از آنان اجازه اجتهاد و روایت گرفت. مدتی نیز در کربلا از محضر شیخ زین العابدین مازندرانی بهره برد.
شیخ علی خاقانی در نجف حلقه درس تشکیل داد. وی در فقه، اصول، حدیث و رجال تبحر داشت و از مشهورترین علمای نجف بود.
پسرانش، شیخ حسن و شیخ حسین و نیز محمدحسین کاشف الغطا، شیخ آقابزرگ تهرانی و سید شهاب الدین مرعشی نجفی از او اجازه روایت داشتند.
رساله هایی در فقه و اصول که تقریرات درس استادان اوست و برخی از آنها را به توصیه آنان نگاشته است نیز از وی به جا مانده، همچون: رساله عملیه و حاشیه بر چند کتاب فقهی و اصولی.
علی بن حسین خاقانی در 1334ق در نجف درگذشت و در صحن حرم امام علی (ع) به خاک سپرده شد.
