دانشنامه عمومی
او در سال پنجم بعثت که آزار هایی که مخالفان اسلام نسبت به مسلمانان می داشتند به اوج خود رسیده و آنان را به ستوه آورده بود، سرگروه جمعی از مسلمانان بود که با اجازه محمد به سرزمین حبشه هجرت کردند.
چون مردم حبشه از اهل کتاب و به دین عیسی مسیح بودند و می شد حدس زد که نسبت به مسلمانان مهربان خواهند بود. داستان دفاع جعفر ابن ابی طالب از اسلام و مسلمین در برابر نجاشی پادشاه حبشه ( هنگامی که عمروعاص برای برگرداندن آن ها با هدایای بسیار به نزد پادشاه رفته و او را تحریک کرده بود ) در تاریخ آمده است. جعفر بن ابی طالب پسری به نام عبدالله داشت که شوهر زینب بود.
به گفته مسلمانان وی در غزوه موته ( سال هفت بعد از هجرت ) پرچم سپاه اسلام را داشت، تا زمانی که دو دستش را قطع کردند و او با دو دست بریده سعی در برپا نگاه داشتن رایت اسلام داشت. با استناد به این ماجرا، شاید بتوان به نوعی او را یکی از امامان شیعیان زیدی دانست.
محمد در مورد او گفت: «خداوند به جای آن دو دست دو بال عطا فرمود که بدانها در بهشت پرواز کند بهر جای که خواهد». وی برادر علی بن ابی طالب نیز هست. زیارتگاه او در موته است.
نماز جعفر طیار یکی از نماز های مستحبی است که منسوب به جعفر طیار است و در روایت های اسلامی، فضیلت های بسیار زیادی برای خواندن آن ذکر شده است. بر اساس احادیث اسلامی، این نماز را پیامبر اسلام، محمد بن عبدالله تحت عنوان هدیه ای به جعفر بن ابی طالب تعلیم داد. هنگامی که جعفر در روز فتح خیبر از حبشه به شهر مدینه حرکت کرد، پیامبر اسلام به استقبال وی آمد و به مردم اعلام داشت:
«نمی دانم به کدام یک از این دو خوشحالی کنم، به فتح خیبر یا به برگشتن پسر عمویم جعفر؟» بعد از آن، پیامبر اسلام نماز جعفر طیار را به وی یاد داد و افزود: «اگر توانستی این نماز را هر روز، و اگر نتوانستی هر هفته، و اگر نتوانستی هر ماه، و اگر نتوانستی هر سال، و اگر نتوانستی در عمر خود یک بار این نماز را بخوان. اگر این نماز را خواندی، خداوند گناهان بزرگ و کوچک، قدیم و جدید و گناه عمدی و اشتباهی تو را می بخشد». همچنین، پیرو فضیلت این نماز مستحبی از جعفر صادق نقل شده که: «هر کس نماز جعفر را هر روز بخواند، بدی های او نوشته نمی شود و برابر هر تسبیحی که در این نماز می خواند خداوند به او یک ثواب عطا کرده و یک درجه در بهشت به او می بخشد. »