دانشنامه اسلامی
سید ابوالقاسم خویی در فقه و اصول فقه، نظرات و آرای قابل توجهی داشته که گاه با نظرات مشهور فقیهان شیعه متفاوت بوده و برخی منابع، فتاوای متفاوت او را تا سیصد مورد دانسته اند. مخالفت با تکلیف کافران به فروع دین، عدم پذیرش نسبی بودن آغاز ماه قمری، و مخالفت با اعتبار شهرت فتوایی و اجماع، برخی از نظرات متفاوت او در فقه و اصول فقه است. خویی در دوران مرجعیت خود، اقدامات فراوانی در راستای تبلیغ دین، ترویج تشیع و یاری رساندن به نیازمندان کرده است؛ از جمله ساختن کتابخانه، مدرسه، مسجد، حسینیه و بیمارستان در کشورهای مختلفی از جمله ایران، عراق، مالزی، انگلستان، امریکا و هندوستان.
آیت الله خویی در دهه ۱۳۴۰ش، از چهره های فعال در مسائل سیاسی بوده و مواضع و بیانیه هایی علیه دولت پهلوی از او صادر می شده است؛ از جمله اعتراض به حمله ماموران حکومت پهلوی به مدرسه فیضیه در سال ۱۳۴۲ش. آیت الله خویی به مدت ده سال از سیاست کناره گرفت، اما پس از شعله ور شدن انقلاب اسلامی ۱۳۵۷ در ایران، و دیدار فرح دیبا، همسر محمدرضا پهلوی با او، و شائبه های پیش آمده پس از این دیدار، در مواردی از جمله همه پرسی تعیین نظام جمهوری اسلامی، و همچنین جنگ عراق علیه ایران، به حمایت از انقلاب و جمهوری اسلامی ایران پرداخت. او در جریان انتفاضه شعبانیه شیعیان عراق، و تعیین شورای رهبری برای اداره مناطق تحت مدیریت شیعیان، تحت فشار حکومت صدام قرار گرفت و تا پایان عمر در حصر خانگی بود.
