دانشنامه اسلامی
وی معتقد است که هر اندیشمندی حداقل در علوم انسانی و اسلامی (و حتی علوم یا بخش نظری یک رشته ی علمی حسی و تجربی مانند برخی مباحث فیزیک ذرّه ای) لازم است افکار خود را به صورت منسجم در قالب یک اندیشنامه، مرتب و منتشر نماید، اگر چه لازم باشد مفاهیم تازه ای را بیافریند. این اندیشنامه، دسته بندی آراء و مباحثه عالمان را آسان میکند. رجایی نظریه ذره ای-کهکشان سانی علم(به انگلیسی:The Galaxy-like & Partial match, Epistemological theory) را مطرح نموده است. این نظریه به این اشاره دارد که کل دست آوردهای علمی بشر را یکپارچه و در تعامل با هم در نظر می گیرد. این نظریه را حمید رجایی (۱۹۸۰) در حوزه فلسفۀ علم مطرح نموده است.
وی در تاریخ ۲۱ فروردین ۱۳۹۴ (مصادف با میلاد نوریّه سماوات سبع، حضرت فاطمه زهراء سلام الله علیها) پایگاه علمی طلوع مهر را تاسیس کرد. هدف رجایی از تاسیس این پایگاه، نشراندیشنامه و فرهنگ نامه خودش (فرهنگ نامه رجاء) است که سالها در اندیشه بنیان نهادن و نشر آن بوده است. بنابراین نگارنده اصلی مطالب طلوع مهر اوست.
