دانشنامه اسلامی
قاضی طباطبایی در عرفان از طریقۀ ملا حسینقلی همدانی پیروی می کرد و رسیدن سالک به مقام توحید را بدون پذیرفتن ولایت ائمه و حضرت زهرا(س) امکان پذیر نمی دانست. در طریقت عرفانی او انجام مستحبات، رفتن به زیارت قبور، توسل به امام حسین(ع) و انتخاب استاد جایگاه مهمی داشت. رساله سیر و سلوک بحرالعلوم را بهترین کتاب عرفانی می دانست و روش احراق را توصیه می کرد. از وی کراماتی نیز نقل شده است.
شدت علاقه او به ابن عربی و مولوی به حدی بود که مخالفت برخی علما را در پی داشت.
