ارنستو چگوارا در تاریخ ۱۴ ژوئن ۱۹۲۸ در روزاریو، آرژانتین، در یک خانواده اشرافی به دنیا آمد. او نخستین فرزند از پنج فرزند خانواده بود. جد پدری‌اش از ثروتمندترین مردان آمریکای جنوبی به شمار می‌رفت و از سوی دیگر، جد مادری‌اش، خوزه ده لاسرنا ای هینوخوسا، آخرین فرماندار اسپانیایی پرو بود. چگوارا در خانواده‌ای آرژانتینی با ریشه‌های ایرلندی و باسک بزرگ شد و شخصیتی پرجنب و جوش داشت. پدرش همواره می‌گفت که در رگ‌های او خون شورشیان ایرلندی جریان دارد. ارنستو در محیطی با گرایش‌های چپ پرورش یافت و به همین دلیل از سنین پایین با دیدگاه‌های سیاسی مختلف آشنا شد. پدر چگوارا از حامیان جمهوری‌خواهان در جنگ داخلی اسپانیا بود و خانواده‌اش به طور مکرر به سربازان آسیب‌دیده پناه می‌دادند و از آن‌ها در خانه مراقبت می‌کردند. چگوارا از دوران کودکی به فقرا توجه ویژه‌ای داشت. او با بیماری‌های ناتوان‌کننده‌ای مانند آسم حاد دست و پنجه نرم می‌کرد، اما با این حال، در رشته‌های ورزشی مختلفی همچون گلف، شنا، فوتبال، تیراندازی و دوچرخه‌سواری به عنوان یکی از ورزشکاران برجسته شناخته می‌شد. همچنین، او در پست فلای هاف راگبی دانشگاه بوینس آیرس نیز بازی کرده بود. از سنین پایین، شطرنج را از پدرش آموخت و در مسابقات محلی شرکت می‌کرد.
