در نهمین روز از فروردین ماه سال ۱۲۸۷ خورشیدی، سپیدهدم حیات طفلی پاکنهاد در خاندان و سلالهای مذهبی طلوع کرد. این روز میمون، که همزمان با جشن ولایت و عید غدیر بود، شادی مضاعفی را برای اطرافیان این نوزاد به ارمغان آورد. نام مبارک «سید رضا» بر او نهادند تا همواره در پرتو این نام و نورانیت ایام ولادت، «بهاءالدین» باقی بماند. نسب والا و ارجمند نیاکان ایشان به امام سجاد میرسد و هر یک از اجداد و پدران گرانمایه او، همچون گوهر تابان، در دوران ظلمت و تاریکی، درخششی خاص از خود بروز دادهاند. برخی از این بزرگان متولی تولیت آستان مقدس حضرت فاطمه معصومه بودهاند و تنی چند از آنان به عنوان خادمان مخلص بارگاه آن بانوی پاکسرشت شناخته میشدند.
پدر سید رضا، «سید صفیالدین»، افتخار خدمتگزاری به آستان مقدس حضرت معصومه را بر دوش داشت. انس عمیق و فراوان ایشان با کلام وحی، عشق وافر به قرائت آیات الهی و حافظه چشمگیرشان، سبب اعتماد علمای زمان به اندوختههای ذهنی سید صفیالدین شده بود؛ از این رو، وی ملقب به «کشف الآیات علما» بود. از دیگر صفات برجستهای که این مرد بزرگ را ممتاز میساخت، مناعت طبع، بلندنظری و اشتیاق خالصانه به خدمت به جامعه بود. مادر ایشان، «فاطمه سلطان» که به «زن آقا» شهرت داشت، بانویی مؤمن و مخلص بود که به عنوان همسری فرزانه و زیرک برای سید صفیالدین ایفای نقش میکرد. این بانوی والامقام، از نوادگان اندیشمند گرانقدر، ملاصدرا شیرازی محسوب میشد.
آنچه فاطمه سلطان را از دیگران متمایز میساخت، صفا و صمیمیت حاکم بر زندگیاش، قناعت، سادهزیستی در دوران حیات، و عشق و علاقه سرشار به همسر و فرزندانش بود. وی قرابت عمیقی با قرآن کریم و الفتی چشمگیر با ادعیه و مناجاتهای معصومان داشت و همواره دامن وجود خود را لبریز از معنویت و نورانیت مینمود. این محیط معنوی و خانوادگی، بستری مناسب برای رشد و تعالی سید رضا بهاءالدین فراهم آورد.