در ۲۰ اسفند ۱۳۷۹ در پی یک حمله شبانه به خانه محمد بستهنگار، از چهرههای اپوزیسیون ترقیخواه ایران، به همراه شماری دیگری از اعضای جریان ملی-مذهبی دستگیر شد. در دیماه سال ۱۳۸۰ دادگاه بازداشتشدگان برگزار شد. اتهام رحمانی در این دادگاه، «اقدام علیه امنیت ملی با قصد براندازی نظام جمهوری اسلامی»، «تشویش اذهان عمومی» و «فعالیت تبلیغی علیه نظام» عنوان شده بود. سرانجام رحمانی در ۲۷ فروردین ۱۳۸۱ با سپردن وثیقه ۱۰۰ میلیونی از زندان آزاد شد. در سال اردیبهشت ۱۳۸۲ رای دادگاه صادر شد و رحمانی به ۱۰ سال حبس و ۱۰ سال محرومیت از حقوق اجتماعی محکوم شد. در ۲۴ خردارد ۱۳۸۲ رحمانی و دیگر محکومان این پرونده از جمله رحمانی، برای گذراندن دوران محکومیتشان، بازداشت شدند. با اعتراض متهمان به رایهای صادر شده، میزان محکومیت تقی رحمانی به ۷ سال کاهش یافت.