مسجد امام خمینی به دو نمونه تاریخی اشاره دارد: یکی در اصفهان و دیگری در تهران. مسجد اصفهان، از بناهای مهم عصر صفویه، در ضلع جنوبی میدان نقش جهان ساخته شده و با معماری چهار ایوانی، گنبدهای دوپوسته و شبستان‌های وسیع، نمونه‌ای برجسته از هنر معماری اسلامی ایران به شمار می‌رود. مسجد تهران نیز یکی از مساجد بزرگ دوره قاجار است که در بازار تهران واقع شده و با فضایی مربعی، گنبدخانه، چهار ایوان و شبستان‌های متعدد، از معماری سنتی ایرانی برخوردار است.
مسجد امام خمینی اصفهان دارای ایوان‌های وسیع، مناره‌های بلند و گنبدی با دو پوسته پیازی است و هنر کاشیکاری و خطاطی در سراسر بنا به چشم می‌خورد. مسجد تهران نیز با کاشی‌کاری‌های رنگارنگ، طاق‌نماها، ستون‌های مرمرین و گنبد عظیم، جلوه‌ای فاخر دارد و از طرح و جزئیات معماری مسجد وکیل شیراز الهام گرفته شده است. هر دو مسجد با تأکید بر تقارن، حیاط مرکزی و ساختار چهار ایوانی، نمونه‌ای از هنر و مهندسی سنتی ایرانی هستند.
مسجد امام خمینی تهران، علاوه بر جنبه مذهبی، جایگاه مهمی در تحولات اجتماعی و سیاسی ایران داشته است. این مسجد محل تجمع بازاریان و روحانیان بوده و در نهضت‌های مذهبی و سیاسی، از جمله قیام پانزدهم خرداد و انقلاب اسلامی، نقش کلیدی ایفا کرده است. مسجد اصفهان نیز با اهمیت فرهنگی و تاریخی، نمادی از شکوه معماری عصر صفویه و مرکز فعالیت‌های دینی و اجتماعی آن دوران بوده است. هر دو بنا نشان‌دهنده پیوند دین، هنر و جامعه در تاریخ ایران هستند.
