دانشنامه اسلامی
از آثار او می توان پی برد که وی پس از گذراندن تحصیلات عالی علوم حوزه از خوی به یزد مسافرت کرده و در آنجا به تدریس و تألیف مشغول شده است. بیشترین آثار دستنویس او در کتابخانۀ مرحوم وزیری یزد نگهداری می شود.
ملا مصطفی خویی عالم پرکاری بود و در فنون مختلف کتاب های متعددی نگاشته است. متأسفانه همۀ نگاشته های وی به صورت خطی باقی مانده و اثری از وی تا به حال به چاپ نرسیده است. آثاری که از وی شناسایی شده عبارتند از:
1 - بضاعة التاجرین، تألیف سال 1235 ق، فارسی، در فقه، نسخۀ ناقص وزیری، ش 1078، فهرست 3 - 846.
2 - مرآة النفس، شاید همان مرقاة النفوس باشد که در همین کتاب از آن یاد کرده است، تألیف 1245 ق، فارسی، در معرفت نفس، نسخۀ کتابخانۀ وزیری، ش 1878، فهرست 3 - 1082.
