دانشنامه اسلامی
با سقوط بنی امیه و رفع خطر خوارج، امام صادق(ع) برخی از شیعیان را از محل قبر امیرمؤمنان(ع) آگاه ساختند و حتی به همراه برخی از یاران خود به زیارت قبر ایشان می رفتند. محل دفن امیرمؤمنان(ع) در حدود 150 سال ناشناس بود و فقط ائمه طاهرین و عده ای از شاگردان مخصوص ایشان از محل دفن آن حضرت آگاه بودند.در قرن دوم هجری، در عصر هارون الرشید، محل قبر علنی گردید و بنایی بر روی قبر ساخته شد. به عقیده شیعیان، دو تن از پیامبر الهی؛ یعنی حضرت آدم و نوح(ع) در کنار علی بن ابی طالب(ع) دفن شده اند.
در دوره عضدالدوله دیلمی، بنای قبلی حرم تخریب و ساختمان بزرگ و باشکوهی بر قبر ساختند. همچنین در عهد صفویه به دستور شاه صفی (۱۰۳۸-۱۰۵۲ه.ق)، حرم مطهر و صحن آن توسعه داده شد. در سال ۱۱۵۶ه.ق، به دستور نادرشاه، کاشی های سبز رنگی که از دوره صفویه زینت بخش گنبد و گلدسته آستان بود، برداشته و به جای آنها، از خشت های طلا، استفاده گردید و پس از آن آقامحمدخان قاجار اولین ضریح را که از جنس نقره بود به حرم هدیه کرد.
