هم ترازی دید

نسخه پنجم ویژگی‌های جدید ساختار و هم ترازی معرفی شده‌است. ماژول‌ها یی برای مدلسازی توالی نوکلئوتید یا اسید آمینه فراهم می‌کند و نام کلاس‌ها طوری تعریف شده که برای زیست‌شناسان آشنا باشد و مراحل مشخصی از تبدیل ژن به پروتئین ارائه دهد.

بلات برای هم ترازی‌های میان گونه ای، مشروط بر این که گونه‌ها خیلی متفاوت نباشند، بسیار کارامد است زیرا این الگوریتم به تطابق کامل احتیاج نداشته و عدم تطابق را در هم ترازی می‌پذیرد.

به عنوان مثالی دیگر ممکن است به تطابق امتیاز 0 و به عدم تطابق و درج-حذف امتیاز 1- نسبت داده شود. که در این حالت امتیاز یک هم ترازی در واقع فاصله ویرایش میان دو رشته است.

(2) در بافتهای دو محوری، جهت گیری درون صفحه بلورها نیز با توجه به نمونه تمایل به هم ترازی دارند.پدیده دوم بر این اساس در فرآیندهای رشد تقریباً اپیتاکسیال مشاهده می شود، جایی که برخی محورهای کریستالوگرافی بلورهای موجود در لایه تمایل به همسویی جهت گیری کریستالوگرافی خاص بستر (تک بلوری) دارند.

مغز اشیاء را بر اساس تفاوت بین خصوصیات فیزیکی آنها از یکدیگر جدا می‌کند. این ویژگی‌ها به چهار دسته تقسیم می‌شوند: رنگ، اندازه، هم ترازی و محتوی. هر نوع کنتراست را می‌توان برای ساخت یک سلسله مراتب بصری استفاده کرد. همین ویژگی‌ها نیز گاهی (به ویژه در میان نقشه نگاران) با توجه به متغیرهای بصری ژاک برتن دسته‌بندی می‌شوند.

ماتریس‌های امتیازدهی (آمار در مقابل زیست‌شناسی): برای معنا یافتن ارزیابی هم ترازی توالی‌ها نیاز به ماتریس امتیازدهی یا جدولی است که بیانگر احتمال جایگزینی معنادار جفت آمینواسیدها یا جفت نوکلئوتیدها در یک همترازی است. امتیازها برای هر موقعیت مکانی از همترازی محلی پروتئین‌ها به‌دست می‌آیند.