دانشنامه اسلامی
به سبب لقبش، برخی او را یهودی یا یهودی زاده دانسته اند. با آنکه هرگز همسری نگرفت و فرزندی نداشت، کُنیۀ ابوالفرج یافت. همین کنیه موجب شده که بسیاری از محققان او را با دیگر پزشکان مسیحی مکنّی به ابوالفرج، مانند ابن القُفّ و ابن الطَیّب اشتباه کنند.
اهرون پدر یوحنّا، پزشکی دانشمند و متدین بود و فرزندان بسیاری داشت که 4 پسر از آنان پیش از یوحنا درگذشتند. یوحنا نزد پدر و چند تن از دانشمندان ملطیه به تحصیل علوم و از جمله پزشکی پرداخت و زبان و ادبیات سریانی و عربی و یونانی را نیز فراگرفت.
این دوره از زندگی او با تاخت و تاز مغولان در آسیای صغیر و فتح ملطیه به دست آنان همزمان بود. به گفته خود او، پدرش اهرون در این هنگام (641ق1243/م)، به عنوان پزشک معالج یَساوُر نویْن سردار مغول، او را تا خَرتْبَرت (خَرپوت) همراهی و مداوا کرد و چون به ملطیه بازآمد، زیاد درنگ ننمود و با خانواده خود به انطاکیه کوچید. ابن عبری در آنجا هم به شاگردی نزد دانشمندان انطاکیه پرداخت و مدتی نیز در غاری نزدیک شهر، گوشه نشینی اختیار کرد و آوازه ای یافت. اما ترک عزلت کرد و به طرابلس رفت و در 644ق در عین جوانی، به اسقفی جوباس (گوباش) نزدیک ملطیه و یک سال بعد به اسقفی لاقبین (لاقابین) گماشته شد و 5 سال درآن مقام ماند. وی در همین مقام برای مناظره با مخالفان کلیسا، به مطالعه مداوم نوشته های آباء کلیسا روی آورد. درگذشت بطریق (بطریک پاتریارک) اغناطیوس در 649ق1251/م یعقوبیان را به دو گروه مخالف بر سر جانشینی، توسط دیونیسیوس (اهرون عَنْجور) و یوحنا بن المعدنی منقسم کرد. ابن عبری در این حوادث جانب دیونیسیوس را گرفت.
وی به مناسبت مقام روحانی و پایه بلند علمی خود، با بزرگان حکومت ایلخانی و دانشمندان مسلمان شهرهای مختلف رابطه داشت. با همه دشواری های وظیفه کلیسایی و مشکلاتی که گاه در درون کلیسای یعقوبی یا با نسطوریان پیش می آمد، وی در اوقات فراغت خود، از مطالعه، تألیف و تدریس باز نمی ایستاد.
وی سرانجام در مراغه درگذشت. جنازه او را در حالی که فرقه های گوناگون مسیحیان مراغه در تشییع او شرکت داشتند، به موصل بردند و در دیر مارمَتّی بر بالای کوهی در کناره خاوری این شهر دفن کردند.
