دانشنامه اسلامی
مهدوی کنی دارای چهار برادر و سه خواهر بود که خود کوچکترین فرزند ذکور خانواده بود. وی تحصیلات دوره دبستان را در کن گذراند و در سال 1324 به مدت دوسال و نیم در مدرسه لرزاده و سپس در مدرسه سپهسالار به تحصیل پرداخت و از محضر اساتیدی چون حجت الاسلام علی اکبر برهان بهره مند شد. وی در سال 1327 برای تکمیل تحصیلات علوم دینی به قم رفت و وارد مدرسه فیضیه و حجتیه شد. از اساتید ایشان باید از مرحوم آیت الله صدرالدین صدر، آیت الله سید محمد حجت و آیت الله احمد خوانساری نام برد.
مهدوی کنی هنگام تحصیل در حوزه به همراه تعدادی از طلاب از جمله آیت الله محمدی گیلانی و آیت الله آقا شیخ محمود در سال 1327 تشکلی به نام «مجمع سیاسی» تشکیل داد که زیربنای فعالیت های سیاسی او شد که هدف آن تحول در وضعیت درسی و وارد کردن حوزه به مسائل سیاسی بود.
آیت الله مهدوی کنی در سال 1328 با دختر مرحوم آیت الله حاج شیخ زین العابدین سرخه ای ازدواج کرد که حاصل آن دو دختر و یک پسر بود. در سال 1340 پس از اتمام تحصیلات و اخذ درجه اجتهاد، به تهران عزیمت کرد و امامت جماعت مسجد جلیلی را عهده دار شد و همزمان در مدرسه مروی به تدریس پرداخت.
در پی قیام 15 خرداد سال 1342 و تبعید امام، مسجد جلیلی به کانونی برای فعالیتهای سیاسی مبدل شد. ایشان از مبارزان نهضت امام خمینی بود و بارها در این راه دستگیر و زندانی شد. آیت الله مهدوی کنی در این رابطه می گوید: «شب 23 رمضان 1353 بود که در مسجد جلیلی مشغول مراسم احیا بودم که مرا به کلانتری احضار و بعد از آن به بوکان کردستان تبعید نمودند و پس از گذشت سه ماه مجدداً از آنجا به مهاباد و بعد راهی تهران کردند».
وی بار دیگر در سال 1354 به اتهام اقدام علیه امنیت کشور به چهار سال زندان محکوم شد و سپس ممنوع الخروج گردید. بنا به اظهار آیت الله اکبر هاشمی رفسنجانی هنگامی که وی در بازداشت بود، شهید فضل الله محلاتی نزد آیت الله پسندیده برادر امام خمینی رفت و برای مهدوی کنی اجازه اخذ سهم امام را گرفت و او از همین منبع در دوران خفقان از خانواده های زندانیان سیاسی حمایت می کرد و آنها را تحت پوشش مالی قرار می داد.
آیت الله پسندیده در این زمان وکالت امام را در امور شرعی بر عهده داشت. مدتی پس از هجرت امام خمینی به پاریس در آذرماه 1357 هسته اولیه شورای انقلاب تشکیل شد که اعضای آن عبارت بودند از: آیت الله مطهری، آیت الله هاشمی رفسنجانی، آیت الله موسوی اردبیلی، آیت الله بهشتی و شهید محمدجواد باهنر که بعدها آیت الله مهدوی کنی و آیت الله خامنه ای و آیت الله طالقانی و مهندس بازرگان و آقای سحابی نیز به آن پیوستند.