دانشنامه اسلامی
تحصیلات خود را در حوزه اصفهان به انجام رسانید و جامع معقول و منقول گردید.او با محقق سبزواری و همچنین با ملا محسن فیض کاشانی و ملا محمد باقر مجلسی که هر دو از اکابر محدثین می باشند، معاصر بوده است. مدت 12 سال نیز در محضر محقق سبزواری صاحب ذخیره درس فقه خوانده است.
محقق خوانساری، از فقهای بزرگ و نامدار قرن یازدهم هجری است که از او به عنوان (استاد الکل فی الکل) تعبیر شده و در فقه و حکمت و کلام و اصول و دیگر علوم یگانه روزگار و از لحاظ قداست نفس و ملکات فاضله نادره عصر بوده است.
سالهای 1086 تا 1097ق سالهای مرجعیت آن فقیه بزرگوار می باشد.
آقا سید حسین خوانساری دورس معقول را از محضر میر فندرسکی، و منقول را از محضر ملا محمد تقی مجلسی اول(ره) و خلیفة السلطان و محقق سبزواری و دیگر اکابر وقت کسب فیض نمود و به مقام عالی علمی نائل گردید.