دانشنامه اسلامی
او از سادات موسوی است و نسبش به امام موسی کاظم علیه السلام می رسد.
پدرش نام او را محمد نهاد و لقبش را مصطفی و کنیه اش را ابوالحسن قرار داد که بعدا به نام مصطفی مشهور شد.
پدرش سید روح الله مصطفوی، مشهور به امام خمینی، مجدد اسلام و حیات بخش شریعت مقدس رسول خدا صلی الله علیه و آله و سلم در قرن اخیر بود که دوست و دشمن به ستایش او پرداخته و به کمالات و مقامات معنوی او معترفند.
مادر تقیه و فاضله اش فرزند آیت الله میرزا محمد ثقفی، صاحب کتاب «روان جاوید» در تفسیر قرآن و «غرر العوائد من درر الفوائد» در علم اصول است.
آیت الله میرزا ابوالفضل تهرانی، صاحب کتاب «شفاء الصدور فیشرح زیارة عاشوراء» نیز، جد مادری اوست.
