دانشنامه اسلامی
ساخت مجتمع مسکونی برای طلاب، تاسیس درمانگاه آل المرتضی در قم، راه اندازی مرکز ارتباط جهانی آل المرتضی(ع) برای پاسخ گویی به سؤالات دینی شیعیان جهان و مؤسسه تحقیقاتی آل المرتضی برای تحقیق، تصحیح و انتشار متون دینی شیعه از فعالیت های سید محمد حسینی شاهرودی بود.
ساخت مجتمع مسکونی برای طلاب و راه اندازی درمانگاه آل المرتضی در قم از فعالیت های اجتماعی او است.