قرآن کریم به‌عنوان کتاب هدایت، با تأکید بر عقلانیت، تفکر و استدلال، به مبارزه با خرافات و باورهای بی‌اساس پرداخته است. در آیه ۱۵۷ سوره اعراف، به نقش پیامبر اسلام در آزادسازی مردم از خرافات و قید و بندهای اسارت‌آور اشاره شده است: «الَّذِينَ يَتَّبِعُونَ الرَّسُولَ النَّبِيَّ الْأُمِّيَّ الَّذِي يَجِدُونَهُ مَكْتُوبًا عِندَهُمْ فِي التَّوْرَاةِ وَالْإِنْجِيلِ يَأْمُرُهُمْ بِالْمَعْرُوفِ وَيَنْهَاهُمْ عَنِ الْمُنْكَرِ وَيُحِلُّ لَهُمُ الطَّيِّبَاتِ وَيُحَرِّمُ عَلَيْهِمُ الْخَبَائِثَ وَيَضَعُ عَنْهُمْ إِصْرَهُمْ وَالْأَغْلَالَ الَّتِي كَانَتْ عَلَيْهِمْ...» این آیه نشان می‌دهد که پیامبر اسلام با آوردن شریعتی مبتنی بر عقل و وحی، مردم را از باورهای خرافی و قید و بندهای نادرست رها ساخت.
همچنین، قرآن کریم در آیات مختلفی مانند سوره مائده، آیه ۷۷ و سوره نساء، آیه ۱۷۱، به اهل کتاب هشدار می‌دهد که در دین خود غلو نکنند و از پیروی از هوس‌های گروه‌هایی که پیش از آنان گمراه شده‌اند، بپرهیزند.از نظر روش‌شناسی، قرآن کریم با دعوت به تفکر، تدبر و استفاده از عقل، زمینه‌ساز آزادی اندیشه و نقد عقاید نادرست است. این رویکرد، به‌ویژه در جوامعی که خرافات رواج دارد، می‌تواند به زدودن باورهای باطل و تقویت عقلانیت کمک کند.