هر حوزه پروتئینی محدودیتهای ساختاری متفاوتی دارد(هم در ساختار و هم در کاربرد مشهود میگردد). به عنوان مثال بخش فعال هر آنزیمی به مقدار مشخصی آمینو اسید نیاز دارد که در سه بعد خاص آن جای گرفتهاست. بعبارت دیگر در یک پیوند پروتئین-پروتئین، حالات مختلفی در جهات متفاوتی میتواند حاصل گردد. رانش قطبهای آبی یا انزیمی، میتواند منجر به شکلگیری گروههای بزرگی از پروتئینهای ساختار نیافته گردد که در مقایسه با پروتئینهای ساختار یافته تکثر تعداد داشته و در این موارد بر اساس روشهای همترازی توالی، گروهای مشابه را در موتیفهای مستقل جدا سازی و دستهبندی نموده و از طریق منابع آنلاین، به عنوان گروههای پروتئینی خاص دستهبندی و شناسایی مینمایند.(به منابع انتهای مقاله مراجعه شود)